Trois grands types de pollutions non naturelles sont présentes sur le marigot :
- la pollution domestique avec notamment les rejets d'eaux usées, les dépôts d'ordures ou encore les lessivage des déchets par la pluie ...
- la pollution agricole notamment due aux excrétas du bétail, et à l'emploi de produits phytosanitaires et d'engrais par les agriculteurs. Ce type de pollution reste cependant très faible sur notre zone d'étude.
- la pollution industrielle : cette pollution a essentiellement lieu dans la zone industrielle de Mbao. En effet, une usine de tannerie déverse ses eaux usées dans un canal qui rejoignent ensuite le marigot. Dans cette partie, le marigot est très fortement dégradé avec des eaux de couleurs roses à vertes et représente un énorme risque environnementale et sanitaire.
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